Para emitir uma nota fiscal eletrônica utilizando o certificado A3 temos alguns passos adicionais em relação à emissão com certificado A1. Primeiramente você irá emitir um Pedido de Venda normalmente, se tem dúvidas em relação a como fazer isto, leia o artigo Efetuando um pedido de venda.
Com o pedido de venda emitido acesse o módulo de Vendas, na barra de módulos, localizado na parte superior do sistema. Após acessar o módulo de Vendas selecione na barra lateral o menu Pedidos de Vendas. Encontre o pedido de venda que deseja emitir a NF-e e clique sobre o botão Visualizar, localizado ao lado do pedido.
Nota: Você só poderá emitir um NF-e se a filial que você está logado estiver configurada pra emissão, e também se você selecionou um cliente. Não é aceito emitir NF-e para Consumidor Final.
Ao final da tela de visualização, você verá uma seta ao lado do botão Emitir Nota Fiscal, clique sobre a opção Download (txt), você fará o download do arquivo necessário para emissão da NF-e utilizando o Emissor gratuito* e o seu certificado A3.
Abra o Emissor gratuito e selecione a empresa que irá emitir a Nota fiscal, após clique no menu superior em Sistema e em Importar arquivos. Na tela que será aberta clique em Localizar e ache a pasta que você salvou o arquivo txt. Selecione o arquivo e clique em Importar. Uma mensagem informando que o arquivo foi importado com sucesso será apresentada, simplesmente confirme.
Ainda no Emissor gratuito clique em Notas fiscais e Gerenciar notas, clique em Pesquisar para encontrar a nota fiscal que você acabou de importar. Encontre na lista a nota que deseja emitir e a selecione, clicando na caixa de seleção. Em seguida clique em Validar, depois Assinar, você precisará entrar com a senha de acesso do seu certificado A3, por fim clique em Transmitir, você precisará digitar a senha novamente.
Pronto, sua nota fiscal eletrônica foi emitida com sucesso!
* Para fazer o download do Emissor de nota fiscal gratuito acesse o link: http://www.nfe.fazenda.gov.br/